Lần cuối cùng người ta nghe nói về Kobenhavn là ngày 21/12/1928 khi nó trên đường từ Buenos Aires (Argentina) đến Australia. Ngay sau khi phát hiện ra sự mất tích của nó, người ta đã tìm kiếm trong khoảng thời gian khá dài nhưng đều không mang lại kết quả. Điều này đã trở thành một trong những bí ẩn lớn nhất của kỷ nguyên hiện đại, dẫn đến nhiều đồn đoán về số phận cuối cùng của con tàu.
Kobenhavn được chế tạo tại Scotland từ năm 1913 nhưng mãi đến ngày 24/3/1921 mới hoàn thành. Còn biết đến với cái tên “Dane Big”, con tàu buồm lớn nhất thế giới khi đó này dài 130m, sức chứa lên tới gần 4.000 tấn, 5 cột buồm cao gần bằng tòa nhà 20 tầng. Kobenhavn có một động cơ diesel phụ trợ, hoạt động giống như chiếc máy phát không dây.
Chủ yếu dùng vào việc đào tạo học viên trẻ nhưng con tàu cũng phải tìm phương án bù đắp phần nào chi phí bằng cách nhận chở hàng hóa trong những cuộc hành trình của nó. Baron Nils Juel-Brockdorff là người giám sát việc đóng tàu và trở thành vị thuyền trưởng đầu tiên. Từ năm 1921 đến 1928, Kobenhavn thực hiện thành công 9 chuyến đi, đến gần như tất cả các lục địa và đã hoàn thành hai chuyến vòng quanh thế giới qua đường biển.
Ngày 21/9/1928, Kobenhavn nhổ neo từ Norresundby, vùng Bắc Jutland (bắc Đan Mạch). Có 75 người trên tàu, trong đó thuyền trưởng là Hans Anderson, 26 thuyền viên và 45 học viên. Hàng hóa mà Kobenhavn mang theo là đá phấn và xi măng, dự kiến sẽ cập cảng tại Buenos Aires, lấy thêm hàng hóa rồi đi đến Melbourne (Australia) và cuối cùng chở lúa mì về châu Âu.
Kobenhavn đến Buenos Aires ngày 17/11/1928, gây ấn tượng với người dân địa phương bởi độ lớn của nó. Hàng hóa ngay lập tức được bốc dỡ, tuy nhiên cuộc khởi hành bị trì hoãn vì họ không nhận được khoản hoa hồng vận chuyển đến Australia. Cuối cùng, ngày 14/12, thuyền trưởng Anderson ra lệnh cho tất cả lên đường mà không có hàng hóa. Chuyến đi dự kiến kéo dài 45 ngày.
Ngày 22/12, Kobenhavn vẫn giữ liên lạc với một con tàu của Na Uy là William Blumer khi cách đảo Tristan da Cunha 900 km và thông báo rằng “tất cả đều tốt đẹp”. Tuy nhiên kể từ đó, William Blumer hoàn toàn mất tín hiệu của Kobenhavn và thủy thủ đoàn chưa một lần xuất hiện trở lại.
Do hành trình đến Australia kéo dài trong nhiều ngày cộng với việc Anderson thường rất ít khi gửi tín hiệu trong các chuyến đi của mình, nên ban đầu không một ai lo lắng khi Kobenhavn biến mất cho đến khi tình trạng này kéo dài trong nhiều tháng. Tháng 4/1929, Công ty East Asiatic cử con tàu chạy bằng động cơ, Mexico, đến khu vực Tristan da Cunha.
Người dân cho biết đã nhìn thấy con tàu rất lớn có 5 cột buồm trong đó một đã bị gãy vào ngày 21/1/1929. Kết hợp với Hải quân Hoàng gia Anh, họ đã tìm kiếm Kobenhavn trong vài tháng nhưng không hề có bất kỳ manh mối nào. Cuối cùng, Chính phủ Đan Mạch đành phải tuyên bố một cách chung chung rằng Kobenhavn và toàn bộ thủy thủ đã mất tích trên biển.
Những năm về sau, không ít giả thuyết đã được đưa ra, trong đó được chấp nhận nhiều nhất là ý kiến cho rằng con tàu đã va phải một tảng băng trôi trong bóng tối hay sương mù. Nếu vậy, con tàu có thể đã chìm quá nhanh khiến thủy thủ đoàn không kịp phản ứng. Một nhóm khác thì nhận định việc không có hàng hóa trên tàu có thể khiến nó bị lật úp bởi những cơn gió lớn, vô hiệu hóa xuồng cứu sinh. Tuy nhiên, người ta đã không thể tìm được xác con tàu.
Hai năm kể từ khi Kobenhavn mất tích, việc một số người nhìn thấy con tàu bí ẩn phù hợp với những mô tả về Kobenhavn đang lênh đênh ở vùng biển Thái Bình Dương lại làm dấy lên các cuộc tranh luận. Theo nhóm ngư dân Chile, tháng 7/1930, thuyền viên của tàu chở hàng Argentina đã nhìn thấy “con tàu ma” 5 cột buồm trong một cơn gió mạnh. Sau vài tuần, họ lại gặp nó khi đi từ khu vực Đảo Phục Sinh đến bờ biển Peru. Trên đường đi, họ nhặt được 1 mảnh phần thân sau tàu khắc tên “Kobenhavn”.
Bằng chứng về con tàu tiếp tục được khơi dậy vào năm 1934, khi tờ The New York Times cho biết cuốn nhật ký của một học viên trên tàu Kobenhavn được tìm thấy trong cái chai trên đảo Bouvet ở Nam Đại Tây Dương. Cuốn nhật ký cho biết con tàu đã bị phá hủy bởi những tảng băng trôi và bị bỏ rơi, tất cả phải rời xuống chiếc xuồng cứu sinh.
Năm 1935, một số bộ hài cốt người và phần còn lại của một xuồng cứu sinh được tìm thấy trong tình trạng bị chôn vùi dưới cát dọc bờ biển phía tây nam châu Phi được cho là dấu vết của Kobenhavn. Tuy nhiên, cho đến nay, tất cả vẫn chỉ nằm ở mức giả định, chờ đợi câu trả lời từ phía các chuyên gia.