Chùa hình thành từ năm 1428, đầu thời Hậu Lê và được mở rộng qua nhiều thời kỳ. Vể tổng quan, chùa Bích Động được xây dựng theo kiểu chữ "Tam", gồm ba toà không liền nhau, tam cấp dọc theo sườn núi, dựa vào thế núi từ thấp lên cao thành 3 ngôi chùa riêng biệt: Hạ, Trung và Thượng.
Bên cạnh các công trình kiến trúc cổ, Bích Động là nơi có một hệ thống hang động độc đáo, gồm động Tối phía sau chùa Trung và động Xuyên Thủy xuyên qua gầm núi chùa Bích Động. Đây chính là nét độc đáo, làm cho chùa hoà nhập với cảnh trí thiên nhiên ngoạn mục.
Trong sử sách nhà Nguyễn, Bích Động được mệnh danh là "Nam Thiên đệ nhị động" - động đẹp thứ nhì của trời Nam. Ngày nay, chùa là một công trình thuộc Quần thể danh thắng Tràng An Tam Cốc - Bích Động, đã được xếp hạng di tích quốc gia đặc biệt và Di sản thế giới của UNESCO.
2. Nằm trong quần thể kiến trúc chùa Bái Đình ở huyện Gia Viễn, tỉnh Ninh Bình, chùa Bái Đính cổ có lịch sử hình thành từ thời Lý, là một ngôi chùa có tầm quan trọng to lớn trong lịch sử Phật giáo Việt Nam.
Ngôi chùa này được tạo dựng theo lối kiến trúc chùa - động. Các điện thờ của chùa đều nằm trong hang động. Trong đó hang Sáng (ảnh) dài 25 mét, rộng 15 mét, cao trung bình là 2 mét là nơi thờ Phật và Thần. Hang Tối lớn hơn hang Sáng, gồm 7 buồng, là nơi thờ Mẫu và Tiên.
Hang tối là nơi có nhiều thạch nhũ hình thù kỳ ảo. Giữa hang có giếng ngọc tạo thành do nước lạnh từ trần động rơi xuống.
Ngoài hai điện thờ trong hang, chùa Bái Đính Cổ còn các công trình khác như đền thờ thần Cao Sơn (ảnh), đền thờ thánh Nguyễn, đền thờ Sư tổ... Vào năm 1997, chùa Bái Đính cổ đã được công nhận là di tích lịch sử - văn hóa cấp quốc gia.
3. Nằm ở xã Gia Thanh, huyện Gia Viễn, tỉnh Ninh Bình, động - chùa Địch Lộng là quần thể di tích danh thắng độc đáo với trung tâm là khu hang động được vua Minh Mạng phong là "Nam thiên đệ tam động", có nghĩa là động đẹp thứ ba ở trời Nam.
Động nằm ở lưng chừng núi Địch Lộng. Để lên được được động, phải đi từ chùa Hạ qua Phủ Đức Ông ở chân núi rồi tiếp tục leo lên thêm 105 bậc đá. Đi sâu vào động 30-40m về phía bên phải là gian chính điện của chùa, nằm dưới một vòm hang cao khoảng 20m, là nơi thờ Đức Phật.
Đi sâu vào trong, hang động mở ra thành nhiều nhánh với tên gọi hang Tối, hang Sáng... mỗi hang lại có một vẻ đẹp huyền ảo riêng do hệ thống nhũ đá tạo ra.
Phía dưới chân núi Địch Lộng là một hệ thống kiến trúc đình, đền độc đáo. Công trình nổi bật ở đây là đình thờ Lý Quốc Sư, một ngôi đình 5 gian được gọi là Đình Đá, vì được dựng hoàn toàn bằng đá... Động và chùa Địch Lộng đã được xếp hạng di tích cấp quốc gia năm 1990.
4. Nằm ở xã Ninh Xuân, huyện Hoa Lư, tỉnh Ninh Bình, chùa Bàn Long là một ngôi chùa có lịch sử rất lâu đời, gắn với sự hình thành của cố đô Hoa Lư. Chùa được xây dựng từ thời nhà Đinh dựa vào hình thế hang động của một ngọn núi thuộc dãy núi Đại Tượng.
Tên gọi "Bàn Long tự” là tên gọi mà chúa Trịnh Sâm đặt cho chùa khi ông đến thăm nơi đây. Tên gọi này được đặt dựa theo một khối đá tự nhiên trong động có hình dáng như con rồng ngồi, rồng nổi rõ cả vảy.
Dân gian kể rằng, vào những đợt nắng hạn, khi vảy rồng trong động long lanh tỏa sáng thì vài ngày sau trời sẽ đổ mưa. Vì thế, vào những năm hạn hán, nhân dân địa phương thường làm lễ cầu mưa ở chùa Bàn Long.
Với những giá trị lịch sử to lớn, chùa Bàn Long đã được xếp hạng là Di tích lịch sử, văn hóa cấp quốc gia của Việt Nam từ năm 1994.