Tính đến 31-3-2013, nợ thuế chuyên thu quá hạn của ngành Hải quan là khoảng 6.003 tỷ đồng, so với thời điểm 31-12-2012 tăng khoảng 221 tỷ đồng. Tuy nhiên, số thu hồi nợ thuế mà Hải quan thu được của các tờ khai phát sinh trước năm 2013 và của các tờ khai phát sinh năm 2013 là khoảng 562 tỷ đồng... điều này cho thấy, ngành Hải quan đã nỗ lực trong công tác thu hồi nợ đọng.

79% cán bộ được khảo sát thừa nhận có khoản thu khác ngoài lương, trong đó nhiều khoản thu nhạy cảm, dễ nảy sinh tiêu cực.