Virus cúm H3N2 có thể trao đổi gien với một số phân chủng virus cúm A khác (H1N1, H2N2, H2N3, H5N1, H5N2,…) tạo ra phân chủng mới có độc lực cao hơn, ví dụ phân chủng S-Otr A/H3N2.