Ngoài hệ điều hành Android 4.1 Jelly Bean, người dùng Galaxy S II sẽ được trải nghiệm thêm một số đặc trưng của S III như Pop-up Play, Smart Stay hay S-Voice.

Android 4.2 là một bản nâng cấp không lớn, đáng chú ý có tính năng chụp hình toàn cảnh panorama, sử dụng nhiều tài khoản trên tablet và chia sẻ nội dung không dây.