Cho dù công tác tổ chức quản lý, triển khai thi công khá bài bản, chuyên nghiệp, nhưng Dự án Xây dựng cầu Nhật Tân và đường dẫn hai đầu cầu vẫn để xảy ra một số sai sót, hạn chế, ảnh hưởng tới hiệu quả đầu tư công trình.