Doanh nghiệp thuỷ sản chỉ ra 7 nhóm vướng mắc lớn của Luật Thuế VAT

Thuế suất "nhảy múa" và nút thắt hoàn thuế

Trong công văn số 131/CV-VASEP ngày 30/7/2025, VASEP cho biết các quy định mới về thuế suất và thủ tục hoàn thuế đang đẩy doanh nghiệp thủy sản, một ngành kinh tế mũi nhọn với kim ngạch xuất khẩu trên 10 tỷ USD, vào tình thế khó khăn chưa từng có.

Vướng mắc lớn nhất đến từ sự thiếu nhất quán trong quy định thuế suất. Cùng một sản phẩm thủy sản đông lạnh sơ chế, doanh nghiệp có thể phải áp dụng mức thuế 0% (nếu tự sản xuất) hoặc 5% (nếu mua qua khâu thương mại). Điều này không chỉ gây rối loạn trong việc kê khai mà còn tạo áp lực vốn nặng nề. Doanh nghiệp phải ứng tiền nộp thuế 5% nhưng các ngân hàng lại không tài trợ cho phần vốn này, khiến chi phí tài chính tăng vọt.

Trong khi đó, quy định về hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) được VASEP mô tả là một "nút thắt chí tử". Theo luật mới, doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế đầu vào khi nhà cung cấp của họ đã hoàn thành nghĩa vụ thuế.

"Doanh nghiệp không có công cụ pháp lý hay kỹ thuật để kiểm tra việc này. Quy định đang đẩy rủi ro về phía chúng tôi, dù chúng tôi không có lỗi", đại diện một doanh nghiệp cho biết. Điều này dẫn đến tình trạng doanh nghiệp bị "giam" vốn, ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền và kế hoạch sản xuất kinh doanh.

Theo VASEP, các quy định mới cũng đang gây khó khăn trên toàn bộ chuỗi giá trị. Với bột cá, mỡ cá, sản phẩm này vốn là thức ăn chăn nuôi thuộc diện không chịu thuế nhưng đang bị áp thuế suất không thống nhất, gây khó khăn cho cả nhà sản xuất và các doanh nghiệp chăn nuôi.

Các yêu cầu về chứng từ để được hoàn thuế (như hợp đồng với Amazon) là không khả thi trong thực tế, cản trở nỗ lực đưa hàng Việt ra thế giới qua kênh số.

Quy định mới về hóa đơn điện tử đang gây lúng túng cho việc thu mua nguyên liệu từ các hộ nuôi trồng, có nguy cơ làm đứt gãy chuỗi cung ứng.

Bên cạnh các vấn đề về chính sách, gánh nặng thủ tục hành chính cũng tăng lên. Doanh nghiệp hiện phải thực hiện phân bổ thuế GTGT đầu vào đến hai lần, một quy trình phức tạp và không thực tiễn.

VASEP chỉ ra rằng các mức xử phạt vi phạm hành chính đang quá nghiêm khắc đối với các sai sót nhỏ, không cố ý. Mức phạt lên tới 8 triệu đồng cho các lỗi như kê khai sai chỉ tiêu nhỏ hoặc sai sót làm tròn đang tạo ra áp lực tâm lý và tài chính khổng lồ, đặc biệt với các doanh nghiệp mới thành lập hoặc chuyển đổi từ hộ kinh doanh.

Kiến nghị gỡ khó khẩn cấp

Trước những thách thức trên, VASEP kiến nghị nhanh chóng đưa sản phẩm thủy sản sơ chế trở lại diện không chịu thuế GTGT như trước đây. Cho phép doanh nghiệp được hoàn thuế khi có đủ chứng từ hợp lệ, không phụ thuộc vào tình trạng nộp thuế của nhà cung cấp.

Bãi bỏ yêu cầu phân bổ thuế hai lần và làm rõ các quy định liên quan đến chuỗi cung ứng nông dân, xuất khẩu thương mại điện tử. Miễn phạt các sai sót nhỏ dưới 50.000 đồng và chỉ cảnh cáo, nhắc nhở đối với các vi phạm lần đầu không nghiêm trọng.

VASEP cho rằng, những vướng mắc trên gây khó khăn cho doanh nghiệp thủy sản, làm tăng chi phí, giảm tính minh bạch và ảnh hưởng đến năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp.

VASEP kiến nghị Chính phủ và các bộ, ngành quan tâm giải quyết các kiến nghị trên để tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp, nâng cao năng lực cạnh tranh, góp phần thực hiện thành công Chiến lược phát triển ngành thủy sản Việt Nam.