Thời gian gần đây, ngành Hải quan luôn là ngành hứng chịu nhiều tai tiếng tham nhũng trong các cuộc khảo sát của một số tổ chức như Thanh tra Chính phủ, Ngân hàng thế giới (WB) và Diễn đàn DN Việt Nam (VBF).