Việc đầu tư cho nghiên cứu khoa học tại các trường đại học đang bị lấn át bởi hoạt động giảng dạy, kinh phí cho nghiên cứu khoa học cũng thua xa so với các viện nghiên cứu, cùng với thiết bị thí nghiệm lạc hậu... Đây là những nguyên nhân trực tiếp dẫn đến số sáng chế, tiến bộ kỹ thuật xuất phát từ trường đại học ở nước ta hiện khá thấp.

Qua kiểm tra của cơ quan chức năng tại 118 chương trình của 94 đối tác nước ngoài liên kết với 18 trường đại học trong nước, trong đó 49 chương trình đào tạo hệ đại học, 58 chương trình đào tạo thạc sĩ và 11 chương trình đào tạo tiến sĩ, phát hiện hầu hết các đối tác chưa được xếp hạng hoặc có thứ hạng thấp hơn các trường của Việt Nam.

Đề nghị không công nhận 2.000 bằng cử nhân, thạc sỹ do đối tác nước ngoài liên kết đào tạo với Trung tâm Công nghệ đào tạo và hệ thống việc làm (ETC, thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội) cấp cho học viên; chuyển hồ sơ sang Cục Cảnh sát điều tra tội phạm tham nhũng, Bộ Công an điều tra.