Một số mẫu nước thải qua phân tích đã phát hiện có hai chất thải nguy hại được xếp loại cực độc là kẽm và kim loại nặng cadmium.

Cửa của hai con sông lớn là sông Kôn và Hà Thanh, đổ ra đầm Thị Nại có nguy cơ bị biến dạng, ảnh hưởng nghiêm trọng đến hệ thống cảng biển ở thành phố Quy Nhơn do dự án du lịch triển khai ồ ạt san lấn, lấp đầm.